出荷管理システム比較7選｜送り状・倉庫連携で手作業を減らす

注文が入ったあとは、出荷指示書の作成、送り状への住所の書き写し、各モールへの配送番号の入力が、注文の数だけ続きます。倉庫に出荷を任せていれば、データの受け渡しも加わり、ミスも起きやすくなります。こうした出荷の手作業を、受注データを起点につないで減らすのが、出荷管理システムです。

出荷管理が受け持つのは、受注管理のあとに続く、送り状の発行、倉庫への出荷依頼、モールへの発送報告です。

本記事では、出荷管理システム7社を、送り状と倉庫連携、料金で比較します。選ぶ基準、無料体験の準備、導入事例もあわせて解説します。

※本記事では、ネットショップ（EC）の注文を出荷するための出荷管理システムを比べています。

出荷管理システムを選ぶ基準は？

出荷の作業で手間やミスが生まれやすいのは、出荷指示書や送り状への住所の書き写し、モールへの配送番号の入力、倉庫とのデータのやりとりなどです。自社でいちばん手間やミスが出ている作業を、そのシステムでなくせるかを基準に、候補を絞りましょう。

確認したい6つの基準は、次のとおりです。

1. 出荷指示書を出せるか
2. 送り状発行システムと連携できるか
3. 倉庫の連携方式に対応しているか
4. 発送報告をモールへ戻せるか
5. 出荷前の変更に気づけるか
6. 料金は何で決まるか

1. 出荷指示書を出せるか

出荷指示書や納品書を受注データから自動で出せるかは、サービスごとに違うので、最初に確かめておきたいところです。納品書と出荷指示書をまとめて出力し、同じ操作で送り状データも準備できる出荷管理システムもあります。

あわせて、欠品の注文が出荷指示書に混ざらないかも確かめましょう。入荷して引き当て（在庫を注文に割り当てる処理）ができるまで注文を止め、そのあと自動で進めるシステムなら、混ざることはありません。

2. 送り状発行システムと連携できるか

送り状発行システムとつながる出荷管理システムなら、注文の住所を書き写さずに送り状を出せて、配送番号を各モールへ1件ずつ入力する手間もなくなります。自社で使っている送り状発行システム（B2クラウド、ゆうパックプリントR、佐川e飛伝3など）に対応しているかは、比べるときに外せない点です。

使っている送り状発行システムが、出荷管理システムのサービスサイトに連携先として載っていなければ、導入の前に問い合わせましょう。配送番号をデータで取り込めない発送方法（レターパックなど）でも、納品書と送り状のバーコードを読み取って番号を登録できるサービスもあります。

3. 倉庫の連携方式に対応しているか

外部の倉庫に出荷を任せている場合は、倉庫とのつなぎ方で、手作業がどこまで残るかが決まります。対応している連携方式はサービスごとに違うため、使っている倉庫の方式（API・アプリ・CSV）でつなげるかを見ておきましょう。

API・アプリで連携する倉庫は、出荷依頼と出荷実績の受け渡しが自動です。一方、CSVでつなぐ倉庫では、出荷依頼・出荷実績・入荷のCSVを手で出し入れする作業が残ります。

なお、出荷依頼から出荷実績の取り込みまでを自動にしたい場合は、倉庫やWMS（倉庫管理システム）との連携機能があるシステムを選びます。

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4. 発送報告をモールへ戻せるか

自動で発送報告できるモールの範囲は、サービスによって差があるので、出店しているモールごとに確認が必要です。APIで自動で送れるサービスなら、出荷確定の操作だけで報告が済みます。APIで報告できないモールでは、CSVのファイルを取り込んで報告するか、別に用意された連携アプリで報告します。

注文をコピーして作り直した伝票や、モール側の障害で失敗した報告は、自動で報告されないサービスもあります。詳細な条件は、公式マニュアルや導入前の問い合わせで確認してください。

5. 出荷前の変更に気づけるか

出荷の指示を出したあとでも、購入者からキャンセルや届け先の変更が入ることがあります。この変更が出荷の担当まで届かないと、梱包を終えてから気づき、作業がむだになってしまいます。モールでの変更がシステムに自動で伝わるかはサービスで異なるため、出店しているモールごとに調べておくと安心です。

サービスによっては、モールで受けたキャンセルを自動で伝票へ反映できるので、キャンセルに気づかないまま出荷することを防げます。一方で、届け先の住所の変更などは、自動では伝票に反映されないサービスもあります。どの変更が伝わるかは、公式マニュアルや導入前の問い合わせで確認しておきましょう。

6. 料金は何で決まるか

出荷管理システムの料金は、次の3つを合わせた額です。

1. 初期費用：導入時に1回かかる費用
2. 月額固定：毎月決まってかかる基本料金。一定の件数や点数までが含まれることが多い
3. 従量課金：基本料金の枠を超えた分に応じて増える費用

このうち、サービスによって差が出やすいのが従量課金です。何をきっかけに増えるかは、主に次の6つに分かれます。

従量課金のきっかけ	増え方
受注件数	基本料金に含まれる件数を超えると、1件ごとに料金が加わるか、月額の高いプランに上がる。件数が増えるほど1件の単価が下がるものもある
出荷件数	基本料金に含まれる出荷件数を超えると、1件ごとに料金が加わる
出店先（サイト）の数	つなぐモール・カートの数だけ月額が増える。同じモール・カートの2店舗目から加わるものもある
商品点数	登録する商品の点数（SKU数）が増えると、月額の高いプランに上がるか、一定の点数ごとに料金が加わる
利用者（ユーザー）の数	基本料金に含まれる人数を超えて使う人を増やすと、1人ごとに料金が加わるか、上のプランに上がる
機能の追加	在庫管理などの機能を足すと、その分の月額が加わる

従量課金で数える件数は、システムによって受注件数か出荷件数で、件数では増えないシステムもあります。同梱や分割出荷があると、同じ月でも受注件数と出荷件数は一致しないので、比べるときは、各システムが数える件数に合わせて、自社の受注件数か出荷件数を当てはめましょう。

また、繁忙期の月の件数を料金表に当てはめておくと、セール時期の額も見通せます。

出荷管理システム7社の違いは？

ここからは、6つの基準を踏まえ、出荷の機能を持つシステム7社を比べます。一覧表で全体を見て、気になるシステムは各社の紹介で確認してください。

サービス名	送り状発行システム連携	倉庫連携	従量課金のきっかけ
ネクストエンジン	B2クラウド・ゆうパックプリントR・佐川e飛伝3・クリックポストなど（配送情報のCSVを出し、出荷済みデータで配送番号を反映）	楽天スーパーロジスティクス・ロジザードZERO・LogiMoPro・Yahoo!ロジスティクス・スクロール360・STOCKCREWなど（API・アプリ・CSV）	受注件数
LOGILESS	ヤマト運輸・佐川急便・日本郵便・西濃運輸	複数倉庫の一元管理（受注管理と倉庫管理の一体型。EC事業者と倉庫事業者が同じシステムを使う）	出荷件数
コマースロボ	宅配会社・後払い会社とのAPI・SFTP連携	WMS内蔵（内蔵WMSへ自動で出荷指示。利用できる倉庫の紹介あり）	出荷件数
mylogi	配送伝票番号の反映・帳票出力（送り状発行システムとの連携は公式に記載なし）	WMS内蔵（複数倉庫管理・入荷検品・出荷検品）	出荷件数・出店先（サイト）の数
速販UX	B2クラウド・e飛伝Ⅲ・ゆうパックプリントR・クリックポスト・カンガルーマジック	楽天スーパーロジスティクス・ロジザードZERO・ロジザードプラス・e-LogiT・おまかせ通販物流パック	受注件数・ユーザーの数・機能の追加
Crossma	要問合せ	FBAマルチチャネルサービス・openlogi・stockcrew・mimosa・楽天スーパーロジスティクス（BOSS経由）	商品点数・出店先（店舗）の数（受注件数では増えない）
TEMPOSTAR	あり（連携先は要問合せ）	複数倉庫連携（連携先は要問合せ）	受注件数・商品点数・出店先（サイト）の数（上限を超えると上のプラン）

※料金はすべて税抜で、2026年10月時点の公式サイト掲載値です。公式サイトに税込・税抜の記載がないサービスは「要問合せ」としています。

ネクストエンジン

受注データを起点に、送り状の発行と倉庫への出荷依頼までつなげられます。送り状は、配送情報のCSVを送り状発行システムに取り込んで発行し、出荷済みのデータを取り込めば、配送番号が受注に戻ります。

倉庫は、楽天スーパーロジスティクス、ロジザードZERO、STOCKCREWなどとつなげられます。料金は受注件数で決まります。50以上のモール・カートに対応し、契約社数は6,700社超、利用店舗数は5万6,000店超（2026年4月時点）です。

項目	内容
提供会社	NE株式会社
主な機能	受注管理／在庫管理／倉庫連携／送り状発行システム連携／メール送信
送り状発行システム連携	B2クラウド・ゆうパックプリントR・佐川e飛伝3・クリックポストなど（配送情報のCSVを出し、出荷済みデータで配送番号を反映）
倉庫連携	楽天スーパーロジスティクス・ロジザードZERO・LogiMoPro・Yahoo!ロジスティクス・スクロール360・STOCKCREWなど（API・アプリ・CSV）
対応モール・カート	楽天市場／Amazon／Yahoo!ショッピング／au PAY マーケット／Qoo10／TikTok Shop／Shopify／BASE など50以上
初期費用	0円
月額固定	3,000円（受注200件まで）
従量課金	受注201件目から1件35円〜5円（件数が増えるほど単価が下がる）。別に年間保守費用15,000円（契約1年経過後から）
無料体験	30日間

LOGILESS

出典：LOGILESS公式webサイト

受注管理システム（OMS）と倉庫管理システム（WMS）が一体で、EC事業者と倉庫事業者が同じシステムを使い、受注から出荷までを自動で連携します。

送り状発行システムは、ヤマト運輸・佐川急便・日本郵便・西濃運輸と連携できます。料金は出荷件数で決まります。

項目	内容
提供会社	株式会社ロジレス
主な機能	受注管理／在庫管理（EC側・倉庫側）／複数倉庫の一元管理／送り状発行システム連携／メール送信
送り状発行システム連携	ヤマト運輸・佐川急便・日本郵便・西濃運輸
倉庫連携	複数倉庫の一元管理（受注管理と倉庫管理の一体型。EC事業者と倉庫事業者が同じシステムを使う）
対応モール・カート	Amazon／楽天市場／Yahoo!ショッピング／Qoo10／au PAY マーケット／TikTok Shop／Shopify／BASE など
初期費用	0円
月額固定	20,000円（ライトプラン・出荷300件まで）
従量課金	出荷301件目から1件25円〜2円（5,001件以上で段階的に下がる）
無料体験	1ヶ月（テストアカウント）

コマースロボ

出典：コマースロボ公式webサイト

受注を取り込むと、内蔵のWMSへ自動で出荷指示を出す、OMSとWMSが一体のシステムです。RPA（人が行うパソコン操作をソフトに代行させる仕組み）で受注処理を自動化します。ロット・消費期限の管理にも対応しています。

料金は出荷件数で決まり、自動出荷プランは月額10,000円で出荷500件までが含まれます。超えた分は、出荷件数が増えるほど1件の単価が下がります。

項目	内容
提供会社	株式会社コマースロボティクス
主な機能	受注管理（RPAによる自動化）／在庫連携／ロット・消費期限管理／出荷指示（WMS内蔵）／宅配会社・後払い会社との連携
送り状発行システム連携	宅配会社・後払い会社とのAPI・SFTP連携
倉庫連携	WMS内蔵（内蔵WMSへ自動で出荷指示。利用できる倉庫の紹介あり）
対応モール・カート	楽天市場／Amazon／Yahoo!ショッピング／au PAY マーケット／Qoo10／TikTok Shop／Shopify／BASE など
初期費用	0円
月額固定	10,000円（自動出荷プラン。出荷500件まで）
従量課金	出荷件数で増える（501〜5,000件 20円、5,001〜10,000件 15円、10,001〜20,000件 10円、20,001件〜 5円）。発注管理を使うならSCMプラン月30,000円。料金表以外の追加費用なし
無料体験	30日間

mylogi

出典：mylogi公式webサイト

受注の自動取得と在庫の引き当てから、入荷・出荷検品、配送伝票番号の反映までを1つで扱える、OMSとWMSが一体の物流システムです。複数の倉庫を管理でき、多色・多サイズで小ロットのアパレルなどに向いています。

送り状発行システムとの連携は、公式サイトに記載がありません。モールへの出品機能やロット管理にも対応していません。料金は出荷件数で増える形です。

項目	内容
提供会社	アートトレーディング株式会社
主な機能	受注管理（注文の自動取得・在庫の引き当て）／在庫管理（複数倉庫）／入荷・出荷検品／配送伝票番号の反映／モールへの商品登録（出品）の機能はなし
送り状発行システム連携	配送伝票番号の反映・帳票出力（送り状発行システムとの連携は公式に記載なし）
倉庫連携	WMS内蔵（複数倉庫管理・入荷検品・出荷検品）
対応モール・カート	楽天市場／Amazon／Yahoo!ショッピング／Shopify／MakeShop／futureshop（注文の取得と在庫の連携が基本）
初期費用	0円
月額固定	要問合せ
従量課金	要問合せ（年間保守費用は無料）
無料体験	あり（期間は要問合せ）

速販UX

出典：速販UX公式webサイト

Windows向けで、PCにインストールして使い、データはクラウドに保存するハイブリッド型の受注管理システムです。送り状はB2クラウド・e飛伝Ⅲ・ゆうパックプリントRなど、倉庫は楽天スーパーロジスティクス・ロジザードZEROなどとつなげられます。

在庫連動と商品管理は別料金のアプリです。ライトプランは月額8,000円ですが、自動処理や自動受注取込は使えません。

項目	内容
提供会社	株式会社サイオ
主な機能	受注管理／在庫連動（速販在庫・有料）／商品管理（速販商品・有料）／送り状発行システム連携／倉庫連携（楽天スーパーロジスティクス・ロジザードZERO ほか）
送り状発行システム連携	B2クラウド・e飛伝Ⅲ・ゆうパックプリントR・クリックポスト・カンガルーマジック
倉庫連携	楽天スーパーロジスティクス・ロジザードZERO・ロジザードプラス・e-LogiT・おまかせ通販物流パック
対応モール・カート	楽天市場／Yahoo!ショッピング／Amazon／au PAY マーケット／Qoo10／メルカリShops／Shopify／BASE など（受注のみ・CSV取込のみのサイトがある）
初期費用	10,000円
月額固定	8,000円（ライトプラン。PC1台・1ユーザー・受注件数無制限。自動処理・自動受注取込・在庫連動は使えない）
従量課金	ライトプランは受注件数で増えない。自動処理を使う従量スタンダード（月10,000円）は301件目から1件10円。ユーザーの追加、在庫連動（速販在庫 月4,000円〜・店舗数で増える）と商品管理（速販商品 月5,000円〜）は別料金。プラン変更手数料10,000円
無料体験	30日間

Crossma

出典：Crossma公式webサイト

倉庫とのAPI連携で、出荷指示まで自動化する一元管理システムです。FBAマルチチャネルサービス、openlogi、stockcrew、mimosa、楽天スーパーロジスティクス（BOSS経由）と連携できます。

送り状発行システムとの連携は、公式サイトに記載がありません。料金は受注件数では増えず、商品数と、同じモール・カートの2店舗目以降の店舗数で上がります。

項目	内容
提供会社	株式会社IZUMI
主な機能	受注管理／在庫連携／商品登録（Amazonから他モールへの出品）／倉庫連携による出荷指示／価格の自動改定
送り状発行システム連携	要問合せ
倉庫連携	FBAマルチチャネルサービス・openlogi・stockcrew・mimosa・楽天スーパーロジスティクス（BOSS経由）
対応モール・カート	Amazon／楽天市場／Yahoo!ショッピング／au PAY マーケット／メルカリShops／Qoo10／Shopify／Shopee
初期費用	30,000円
月額固定	14,800円（商品20,000SKUまで・受注件数の上限なし）
従量課金	受注件数での課金なし。商品数（20,000SKUごとに月10,000円）と、同じモール・カートの店舗数（2店舗目から1店舗月5,000円）で増える
無料体験	あり（期間は要問合せ）

TEMPOSTAR

出典：TEMPOSTAR公式webサイト

複数倉庫との連携と、送り状発行システムとの連携を備えた一元管理システムです。どちらも連携先は公式サイトに記載がなく、要問合せです。

受注・在庫・商品の管理まで同じシステムで扱え、個別のカスタマイズにも対応します。月額1,500円のスタータープランは、受注200件・商品2,000点・連携2店舗までです。超えると、スタンダードプラン（最低月額10,000円）に移ります。

項目	内容
提供会社	SAVAWAY株式会社
主な機能	受注管理／在庫管理／商品管理／複数倉庫連携／送り状発行システム連携／メール送信
送り状発行システム連携	あり（連携先は要問合せ）
倉庫連携	複数倉庫連携（連携先は要問合せ）
対応モール・カート	公式サイトの対応一覧ページに掲載
初期費用	要問合せ
月額固定	1,500円（スタータープラン・受注200件・商品2,000点・連携2店舗まで）
従量課金	受注・商品・店舗の上限を超えるとスタンダードプラン（最低月額10,000円。受注1件25円〜5円の従量と、商品点数で増える）
無料体験	30日間（スタンダードプラン以上。スタータープランは対象外）

出荷管理システムの無料体験では、何を準備して何を確かめる？

無料体験の前に準備するものと、確かめる項目を決めておくと進めやすくなります。

なお、既存のシステムからの切り替えの進め方は、次の記事で詳しく解説しています。

無料体験の前に準備しておくこと

• 受注件数・店舗数・商品点数を数える：通常の月と繁忙期の月に分けて数えます。出荷件数で料金が決まるサービスの見積もりにも使います。
• 手作業が残る出荷の箇所を書き出す：出荷指示書の作成、住所の転記、配送番号の入力、倉庫へのデータ渡し、モールへの発送報告のうち、今は手でしている作業を洗い出します。
• 使う送り状発行システムと、倉庫の連携方式を調べる：送り状発行システムは、配送会社ごとに、連携できる発送方法・使える時間・件数に決まりがあります。倉庫の連携方式（API・アプリ・CSV）は、倉庫の担当者に確認しましょう。
• つなぐモール・カートと、モール側の申請を確認する：モールによっては、事前の申請や有料サービスの申し込みが要ります。
• 試す注文を選び、倉庫に依頼するテストは先に倉庫へ伝える：倉庫へ依頼まで進めるテストは、前もって倉庫に伝えます。取り込んだ注文は、取り消しても課金の対象になるシステムがあるので、試す注文は過去の注文から数件に絞りましょう。

無料体験で確かめること

無料体験では、過去の注文を使って、次の3点を確かめます。

• 出荷指示書：過去の注文で、出荷指示書が出力されるかを確認します。
• 送り状データ：配送情報のCSVを、送り状発行システムに取り込めるかを試します。
• 配送番号の戻し：出荷済みのデータで、配送番号が受注に入るかを確認します。出荷確定の操作も試します。

テストの注文が本番として扱われないよう、テストの前には、購入者へのメールの自動送信とモールへの出荷報告を止めておきます。無事にテストが終わったら、取り込んだ注文も取り消します。

出荷管理システムの導入事例

出荷まわりの手間を減らした2社の事例です。

モールごとの伝票出力とメール送信の手作業をなくし、売り方を考える時間を生んだ事例

株式会社スペースアイランド様は、食品・調味料・日用品を扱うECサイト「にっぽん津々浦々」を、自社の本店サイト、楽天市場、Yahoo!ショッピングで運営しています。社員が3人の頃は、モールごとに伝票番号を1件ずつ出力し、サンクスメールも個別に送っていたため、毎日の業務が0時を過ぎていました。

一元管理システムを導入すると、「確認待ち」「印刷待ち」といった注文の状況がひと目でわかり、サンクスメールや出荷通知も自動で送られるようになりました。生まれた時間で施策づくりや商品紹介ページの作成に着手でき、人材を増やして組織を広げています。

倉庫への出荷データを1日1回しか渡せない課題を解消し、月5万件以上を3名で出荷する事例

株式会社松屋フーズホールディングス様は、牛丼チェーン「松屋」などの外食チェーンを運営しています。ECでは10年以上『牛めし』1本で販売してきましたが、いまは『ロースかつ』『カレー』なども扱っています。以前の一元管理システムは倉庫との連携に課題があり、出荷データを倉庫に渡せるのは昼頃の1日1回だけでした。本来は1日5,000件ほど対応できるはずが、出荷できるのは1日3,000件だったのです。

倉庫との連携の課題を解決できるシステムに乗り換えた結果、1時間あたりの出荷件数は50件程度から80件程度と1.5倍以上になりました。即日配送も実現し、月5万件以上の出荷を3名の受注処理担当で安定して処理しています。

まとめ

出荷管理システムは、出荷指示書、送り状、倉庫の連携方式、モールへの発送報告、出荷前の変更、料金の6つで比べます。

まずは、手作業が残っている箇所を書き出し、その箇所を自動にできる機能から候補を絞りましょう。候補が決まったら、無料体験で自社の注文を使い、出荷指示書から配送番号の戻しまでが思いどおりに動くかを確かめてください。

よくある質問

Q. 出荷管理システムとWMSの違いは何ですか？

出荷管理システムは、受注データから出荷指示書の出力、送り状の発行、倉庫への出荷依頼、モールへの発送報告までをつなぎます。WMS（倉庫管理システム）は、倉庫内の入庫からピッキング・検品・出荷までと在庫を管理するものです。

Q. 送り状発行システムだけで足りますか？

一般的には足りません。送り状発行システムは宛名ラベルを作るもので、住所の転記と配送番号のモールへの戻しが手作業で残ります。出荷管理システムを使えば、配送情報を送り状発行システムへ渡し、配送番号を受注へまとめて戻せます。

Q. 出荷を外部の倉庫に任せると、自社の作業はどこまで減りますか？

倉庫とシステムのつなぎ方で変わります。API・アプリで連携する倉庫なら、出荷の依頼から出荷実績の受け取りまでが自動になり、注文のたびに依頼する手間はなくなります。CSVで連携する倉庫では、依頼と実績のファイルの出し入れが手作業で残ります。

Q. モールへの発送報告も自動でできますか？

システムによっては、出荷確定のあとに、配送番号と発送済みの情報をAPIでモールへ自動で送れます。たとえば、ネクストエンジンでは、楽天市場・Amazon・Yahoo!ショッピング・au PAY マーケットへAPIで自動で送り、APIがないモールはCSVで取り込みます。

Q. 配送番号が出ない発送方法はどう扱えばよいですか？

メール便や定形外郵便のように配送番号が出ない発送方法では、番号が空のままでもモールへ発送報告できるかを確認しておきましょう。システムによっては、番号の出ない発送方法を登録しておくと、番号が空でも報告できます。